Sonic est enfermé dans une prison de haute sécurité, située sur une île en plein milieu de l'océan. Mais ses amis ne l'entendent pas ainsi. Édouard et Chris essayent de se rendre sur l'île en pédalo. Plus inattendue, est la présence de Robotnik en compagnie de Shadow et Rouge, pour récupérer les Émeraudes gardées dans la prison. En fin de compte, Amy libère Sonic de sa prison et ce dernier affronte à nouveau Shadow. Mais alors que l'île est sur le point d'exploser à la suite de l'installation d'une bombe à retardement par Shadow, Sonic s'enfuit de l'île avec ses amis tandis que Chris et Rouge sont emmenés par le hérisson noir qui utilise le contrôle du chaos.