Kuszanagi Motoko őrnagy és partnere, Bató mindketten a 9-es szekció alkalmazásában álló kiborgok, akik egy hírhedt hackerre, a Bábjátékosra vadásznak. A Bábjátékos a hálózaton keresztül képes az emberek elméjébe behatolni, és hamis emlékeket beléjük táplálni, hogy ezáltal mint élettelen bábukat a markában tartva, a saját céljaira használja fel őket. A cselekmény előrehaladtával fény derül arra, hogy a Bábjátékos nem emberi személy, hanem egy céltudatosan kifejlesztett, de később irányíthatatlanná vált, saját öntudatára ébredt, rendkívüli mesterséges intelligenciával rendelkező program; fedőszáma: 2501. A Bábjátékos egy még lélek nélküli cyborgtestet felhasználva megkörnyékezi a 9-es szekciót. Kuszanagi őrnagy pedig elhatározza, hogy kapcsolatot létesít a programmal, amely láthatólag valamiért őt szemelte ki magának....