A katasztrófa utáni 45. napon járunk. Az események innentől kezdve két szálon futnak, melyek az idő során összefonódnak. Az egyik a már korábban megismert szereplők tábora, a másik szál a tutaj-szerencsétlenség 3 felnőtt szereplőjével foglalkozik, Waltról csak később tudunk meg több információt. Az évad egy ismeretlen személy reggelével kezdődik, aki a Locke-ék által felfedezett bunkerben éli az életét immáron 3.éve. Jack Shephard és John Locke, miután berobbantották a bunker bejáratát, lemerészkednek a mélybe. Először Locke megy le, akit az ott élő Desmond Hume foglyul ejtett. Shephard utána ered és kisebb dialógus után felismeri az egyedül élő férfit, korábban találkoztak egy sportcsarnokban, ahol együtt futottak. Nem tudnak róla, de Kate Austen is utánuk ment. A bunkerbe való behatolás után megismerkedünk a szigetet behálózó tudományos intézettel, a DHARMA Kezdeményezéssel. Eközben a sziget túloldalán, Sawyer és Michael partot érnek hosszú vergődés után. Ekkor Jin hátrakötött kézzel rohan feléjük, és kiáltja, hogy „többiek, többiek”. A távolban megjelenik 3 személy, akiket csak nagyon homályosan lehet látni. Az egyikük, Mr.Eko leüti mindannyiukat. Megtudjuk, hogy a maroknyi ember, akik fogságba ejtették a 3 túlélőt, a repülőgép farokrészében ültek. Betekintést nyerünk az ő első 48 napjukba is.