Durante un prelievo di sangue ad un paziente con Epatite B, per sbaglio la siringa vola e va a finire nel braccio di J.D. Quest'ultimo è spaventato, e quattro pazienti (che per professione sono medici) lo fanno spaventare ancora di più. Successivamente dovrà occuparsi di un paziente con Meningococco, ed è intimorito dal contagio. Ma successivamente affronterà questa paura. Turk sembra aver messo su qualche chilo, e Dorian e Carla lo prendono un po' in giro per questo fatto. Allora lui decide di farsi aiutare dal Dr. Cox, che sembra essere sempre in forma. Turk si allenerà sempre con lui (seguito a ruota da Todd), ma Carla si sentirà trascurata. Turk capisce allora che Cox è sempre in forma poiché non ha nessuno con cui passare del tempo, e piuttosto che allenarsi per ritornare in forma, decide di trascorrere più tempo con la sua ragazza. Elliot intanto esce con Sean, ed ogni giorno è molto stanca al lavoro, poiché esce fino a sera tarda ed ha rapporti sessuali. Qualche giorno dopo, di sera, mentre lui la aspetta all'uscita dell'ospedale, lei arriva, e per sbaglio gli accenna al fatto che non è pronta ad impegnarsi. Lei dovrà fare tardi in ospedale, ma lui cerca comunque di aspettarla Quando esce alla fine del suo turno, egli se n'è andato. Finisce così la storia tra Elliot e Sean.